Ilmu pendidikan kedokteran berkembang semakin cepat di zaman sekarang. Perkembangan tersebut harus diimbangi dengan pertumbuhan jumlah doktor yang memiliki kepakaran di bidangnya masing-masing. Hal tersebut diperlukan agar perkembangan ilmu pengetahuan tetap terjamin kualitasnya dan tidak berjalan di tempat.
Mencetak doktor di berbagai bidang merupakan kontribusi penting bagi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia terhadap dunia kesehatan. Program ini bertujuan menghasilkan lulusan yang memiliki integritas ilmiah, wawasan dan kemampuan dasar keilmuan, dan kemampuan mengembangkan keilmuan melalui pendekatan yang sesuai dengan masing-masing bidang.
FKUI memiliki 3 (tiga) program studi jenjang Doktor (S3), yaitu: