Sebagai fakultas kedokteran yang terakreditasi baik, maka Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) mendapat amanat untuk menjadi pengampu pada Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) yang baru berdiri.
Pengampuan dilakukan untuk membantu PSPD mulai dari penyusunan proposal, proses pelaksanaan pendidikan hingga PSPD mampu menghasilkan lulusan dokter. Dengan menggunakan Kurikulum Berbasis Kompetensi yang disusun oleh FKUI maka lulusan PSPD diharapkan memiliki ketrampilan dan pengetahuan yang setara dengan FKUI
Tahun 2019, FKUI telah mengampu enam Program Studi Pendidikan Dokter yaitu PSPD FKIK Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah (Banten), PSPD FKIK Universitas Tanjungpura (Kalimantan Barat), PSPD Universitas Bengkulu (Bengkulu), PSPD Universitas Palangkaraya (Kalimantan Tengah), PSPD Universitas Negeri Papua (Papua Barat), dan PSPD Universitas Sultan Ageng Tirtayasa (Banten).