Departemen Parasitologi FKUI didirikan tahun 1950 dengan nama bagian Parasitologi dan Ilmu Penyakit Umum oleh Dr. Lie Kian Joe dibantu seorang asisten yaitu dr. Lie Injo Luan Eng dan dua tenaga laboratorium yaitu Tohir dan Sudirman yang sebelumnya adalah karyawan Bagian Patologi di bawah pimpinan Prof. G. Bras.
”Bagian Parasitologi dan Penyakit Umum” selanjutnya berubah nama menjadi ”Bagian Parasitologi”. Antara tahun 1954-1955 direkrut beberapa biolog sebagai asisten. Tesis pertama dihasilkan pada tahun 1956. Bagian Parasitologi aktif mengembangkan penelitian dengan memulai penelitian filariasis bekerja sama dengan Departemen Kesehatan. Hasil penelitian dipublikasikan di jurnal nasional maupun internasional sehingga nama Bagian Parasitologi mulai dikenal dan kemudian mendapat bantuan dariCHINA MEDICAL BOARD untuk membangun gedung sendiri, yaitu merubah gedung pabrik candu di Salemba, sebagian dana pembangunan ini dibantu oleh Pemerintah RI.
Pada tahun 1967 dimulai kerjasama dengan Departemen Pendidikan di Asia Tenggara (SEAMEO) dan FKUI dijadikan Regional Centre for Community Nutrition (SEAMEO TROPMED-RCCN) dimana Bagian Parasitologi berperan aktif dan setiap tahun stafnya diminta untuk mengajar atau menguji di Bangkok, Kuala Lumpur, Manila dan Saigon, sebagai panitia seleksi calon penerima fellowship SEAMEO TROPMED hingga tahun 2003.
Pada tahun 1975-1976 dimulai kerjasama Bagian Parasitologi dalam proyek, yaitu proyek Integrasi Keluarga Berencana-Pemberantasan Penyakit Cacing dan Gizi (JOICEF) dan dilakukan di Indonesia atas kerjasama Perkumpulan Pemberantasan Penyakit Parasitologi Indonesia (P4I) diprakarsai oleh staf senior Bagian Parasitologi.
Tahun 1979 Bagian Parasitologi mendapat Institutional Strengthening Grant, TDR/WHO selama lima tahun, terdiri dari 2 komponen, yaitu: membangun unit imuno-parasitologi dan Training grant yang dalam pengembangannya hingga kini menjalin kerjasama dengan institusi asing yaitu Mill Hill University London, Imperial College London, New England Biolab, Boston USA dan Smith College, Northampton, USA, University of Leiden, University of Glasgow, Scottish Parasite Diagnostic Lab, UNICEF dan CDC Atlanta. Kerjasama dalam negeri antara lain dengan puslit Biomedis Litbang Kes, dan Departemen lain di FKUI. Pada tahun yang sama juga dibuka program studi magister biomedik kekhususan Parasitologi.
Tahun 1988 hingga sekarang Bagian Parasitologi telah berkembang dengan jumlah dosen tetap sebanyak 19 orang dan staf honorer / riset. Departemen Parasitologi aktif dalam pengembangan pendidikan, riset dan pelayanan masyarakat dalam rupa disetujuinya program studi dokter spesialis parasitologi klinik di FKUI, pengembangan riset di bidang imunologi parasit dan infeksi oportunistik serta peningkatan kualitas layanan laboratorium parasitologi yang terstandarisasi mengacu padaaccredited Scottish Parasite Diagnostic Laboratory, UK.
