Departemen Ilmu Kedokteran Forensik dan Medikolegal sudah mulai ada sejak Stovia pada tahun 1920-an (dulu bernama Bagian Ilmu Kedokteran Kehakiman) yang ditekuni oleh dr. H. J. F. Roll yang kemudian menerbitkan buku Leerbook der Gerechtelick Geneeskunde. Pada tahun berikutnya, tercatat nama Prof. Sutomo Tjokronegoro, yang juga berkarya di bagian Patologi, melanjutkan pekerjaan di bagian Kedokteran Kehakiman.

Pada tahun 1948, didirikan Lembaga Kriminologi yang dimaksud untuk memberikan pelayanan keadilan secara terpadu. Lembaga kriminologi ini terdiri dari unsur kriminologi, kedokteran dan hukum yang secara struktural berdiri dibawah Fakultas Hukum dan Ilmu Pengetahuan Kemasyarakatan. Baru kemudian pada tahun 1978 lembaga kriminologi ini berdiri sendiri sebagai organ rektorat dan pada tahun 1985 berubah nama menjadi Pusat Pelayanan Keadilan dan Pengabdian Hukum, dan pada perkembangan lebih lanjut diletakkan dibawah Lembaga Pengabdian pada Masyarakat Universitas Indonesia.

Pendidikan kedokteran forensik bagi mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, juga pendidikan pasca sarjana untuk spesialis kedokteran forensik, menggunakan bahan atau jenazah yang dikirimkan oleh pihak penyidik Polri ke Rumah Sakit Umum Pusat Nasional dr. Cipto Mangunkusumo. Dengan demikian, terdapat dua fungsi bagi bagian Kedokteran Forensik, dalam hal pendidikan formal merupakan organ pada FKUI sedangkan dalam pelayanan Kedokteran Forensik melaksanakan tugas yang ditujukan oleh pihak yang berwajib ke RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo.