Departemen Ilmu Kesehatan Mata FKUI-RSCM merupakan hasil pengembangan dari Oog Afdeling STOVIA, yang merupakan bagian dari Sekolah Kedokteran yang pada tahun 1920 dikenal sebagai Geneeskundige Hooge School. Dokter berkebangsaan Belanda yang terakhir memimpin sekolah ini adalah Prof. Dr. Mulock Houwer yang dibantu 2 orang asistennya yaitu Prof. dr. Hadibroto dan dr. Isak Salim.

Setelah penyerahan kedaulatan, Universitas Indonesia dikukuhkan pada tanggal 2 Februari 1950. Salah satu fakultas yang dikukuhkan adalah Fakultas Kedokteran. Pada masa tersebut, Bagian Ilmu Penyakit Mata dipimpin oleh Prof. dr. Hadibroto yang menjabat sampai tahun 1956. Prof. dr. Hadibroto kemudian mengirim dr. Isak Salim untuk mengambil gelar Doktor di Amsterdam, yang diperolehnya pada tahun 1956.

Pengembangan yang dilakukan Prof. Isak Salim terutama dalam pembinaan sumber daya manusia, di mana sejumlah staf pengajar dikirim ke luar negri untuk belajar/fellowship. Prof Dr Isak Salim kemudian digantikan oleh Dr. S.M. Akmam, yang dikukuhkan menjadi guru besar pada tahun 1983 dan menjadi Kepala Bagian Ilmu Penyakit Mata FKUI mulai tahun 1977 – 1987. Kepemimpinan dilanjutkan oleh Prof. dr. Mardiono Marsetio pada periode 1987 – 1990. Di bawah kepemimpinan Prof Akmam dan Prof Mardiono, Bagian Ilmu Penyakit Mata meningkatkan kinerja dan partisipasinya dalam berbagai pertemuan ilmiah nasional dan internasional, serta menyelenggarakan operasi katarak masal yang diorganisir oleh Persatuan Dokter Spesialis Mata Indonesia (Perdami). Berbagai buku teks Ilmu Penyakit Mata untuk mahasiswa dan residen, juga dipublikasi dalam periode ini.

Prof. dr. Mardiono Marsetio kemudian menjabat sebagai dekan FKUI periode 1990 – 1996. Kepemimpinan di Departemen Mata FKUI-RSCM dilanjutkan oleh dr.Istiantoro S yang menjabat pada tahun 1990-1997, dr Tjahjono D. Gondhowiardjo, PhD yang menjabat mulai tahun 1997–2004, dan dr M Sidik yang menjabat pada periode 2004-2008. Saat ini Departemen Ilmu Kesehatan Mata FKUI dipimpin oleh dr. Ari Djatikusumo, SpM(K). Berbagai kemajuan telah dicapai baik berupa gedung departemen mata, ruang kuliah, perpustakaan maupun fasilitas belajar mengajar, wetlab dan sarana pelayanan kesehatan mata yang selalu mengikuti perkembangan dibidang oftalmologi terkini. Berbagai kegiatan Continuing Medical Education (CME) bidang oftalmologi diselenggarakan secara rutin. Berbagai penelitian dihasilkan dari Departemen, dan umumnya meraih penghargaan dalam kompetisi dalam pertemuan ilmiah tahunan Perdami, serta sejumlah penelitian telah dipublikasi dan dipresentasikan dalam forum nasional dan internasional. Berbagai kerjasama baik dalam hal lahan pendidikan residen, penelitian dan pelayanan medik dengan sejumlah institusi dan NGO baik nasional dan internasional, juga telah diselenggarakan.