Organ FKUI terdiri atas Dekan, Senat Akademik Fakultas (SAF), dan Dewan Guru Besar (DGB) yang menjalankan fungsi sesuai dengan tugas dan kewenangan masing-masing. Hubungan antar organ FKUI dilandasi oleh semangat kolegialitas dengan saling menilik dan mengimbangi satu terhadap yang lain.
Pimpinan Fakultas adalah Dekan, Wakil Dekan, Sekretaris Pimpinan, dan para Manajer yang berada di bawah pimpinan Universitas Indonesia dengan tugas antara lain menjalankan fungsi pengelolaan fakultas secara keseluruhan, melaksanakan penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, membina sivitas akademika (dosen dan mahasiswa), serta membina hubungan dengan alumni, lingkungan fakultas dan masyarakat.
Struktur organisasi – Lihat