Program Pendidikan Dokter Spesialis Kedokteran Penerbangan, yang merupakan satu-satunya di Asia, adalah suatu program pendidikan lanjut profesi kedokteran untuk menghasilkan lulusan dokter spesialis sebagai salah satu pemberi upaya pelayanan kesehatan bagi seluruh masyarakat Indonesia secara khusus dan masyarakat dunia secara umum. Prodi kedokteran penerbangan didirikan pada tahun 2010, dengan alumni yang saat ini bekerja di berbagai bidang, seperti Kementerian Perhubungan, Kementerian Kesehatan, Komite Nasional Keselamatan Transportasi (KNKT), maskapai penerbangan, rumah sakit, dan perusahaan evakuasi medis udara.
Pendidikan berlangsung selama 7 semester dan setelahnya lulusan akan mendapatkan gelar Spesialis Kedokteran Penerbangan (Sp.K.P.) Pendidikan berlangsung dalam 3 tahapan, yaitu tahapan pengayaan, magang dan mandiri. Wahana pendidikan prodi antara lain RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo, RSUP Persahabatan, Klinik Makara UI, BLU Balai Kesehatan Penerbangan, RSAU Dr. Esnawan Antariksa, Lakespra Saryanto, Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta, Garuda Sentra Medika, dan Garuda Indonesia Training Centre. Kegiatan pendidikan meliputi kegiatan ilmiah (journal reading, diskusi kasus, presentasi kasus, presentasi saripustaka, presentasi proposal penelitian, presentasi laporan hasil penelitian), kegiatan pengelolaan personnel penerbangan dan penumpang (rekomendasi aeromedis), kegiatan bimbingan, dan kegiatan penelitian.
Program Studi Sp1 Kedokteran Penerbangan FKUI terakreditasi UNGGUL berdasarkan keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri – Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM-PTKes).
