Sebagai bukti konsistensi mencetak dokter-dokter berkelas dunia, FKUI menjalin kerjasama dengan berbagai pihak, baik dari luar maupun dalam negeri.
Untuk membidani lahirnya dokter umum, dokter spesialis, hingga ilmuwan yang berkelas dunia, konjungsi yang pertama dan utama dilakukan adalah dengan institusi rumah sakit. FKUI sadar betul bahwa pondasi hubungan yang kuat antara fakultas kedokteran dan rumah sakit pendidikan turut menjadi kunci penting suksesnya pendidikan kedokteran.
Era globalisasi yang mulai merambah dunia medis pun disadari sebagai suatu tantangan. Perkembangan ilmu kedokteran, mulai dari pendidikan, praktik klinik, kemajuan teknologi, hingga area riset, mau tidak mau harus tersentuh kolaborasi internasional. Tantangan global itu coba dijawab oleh FKUI melalui bentuk kerja sama dengan berbagai institusi di luar negeri.
