Departemen Mikrobiologi FKUI dalam melaksanakan Tri Darma Perguruan Tinggi, menyelenggarakan pelayanan berupa pemeriksaan mikrobiologi klinik di Laboratorium Mikrobiologi Klinik untuk menunjang diagnosis penyakit infeksi. Departemen Mikrobiologi juga menyelenggarakan pendidikan dalam bidang mikrobiologi untuk jenjang sarjana, magister biomedik kekhususan mikrobiologi, spesialis mikrobiologi klinik, dan pendidikan konsultan Sp-II. Bidang penelitian tidak pernah terlepas dari Departemen Mikrobiologi. Berbagai macam penelitian klinik, biomedik,dan epidemiologik dilakukan oleh Departemen Mikrobiologi FKUI bekerja sama dengan instansi lain, seperti Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.
Kepala Departemen Mikrobiologi FKUI saat ini adalah dr. Yulia Rosa Saharman, PhD, SpMK(K)