Departemen Kimia Kedokteran FKUI yang awalnya dinamakan Bagian Kimia FKUI sudah ada sejak FKUI berdiri. Tugas utama staf pengajar di Departemen Kimia Kedokteran FKUI adalah memberi kuliah dan praktikum mahasiswa tingkat 1. Pada awalnya disamping staf pengajar dari Indonesia, dibantu juga oleh staf pengajar dari University of California.
Kuliah yang diberikan mencakup:
– kimia umum
– kimia fisik
– kimia organik
Awalnya praktikum yang diberikan meliputi:
– kimia analisa kualitatif
– kimia analisa kuantitatif (titrasi)
– kimia organik
kemudian analisa kualitatif dihapuskan dan diganti dengan praktikum kimia fisik
Disamping melayani kegiatan pendidikan di FKUI, Bagian Kimia juga ikut berperan pada pembentukan Jurusan Kimia FIPIA UI pada tahun 1961 (sekarang FMIPA UI). Dekan pertama FIPIA, Prof. G.A.Siwabesy menugaskan Drs. Lauw Soan Keng (Drs. Suniar Riawan) untuk menyiapkan pendirian Jurusan Kimia FIPIA UI. Pada awalnya praktikum mahasiswa FIPIA enggunakan sarana dan juga staf pengajar dari Bagian Kimia FKUI. Pada tahun yang sama berdiri juga FKG UI, dan Bagian Kimia FKUI juga melayani kuliah dan praktikum mahasiswa tingkat I FKG, sampai tahun 2004 (perubahan kurikulum FKG UI).
Bagian Kimia FKUI juga berperan pada perencanaan dan pernyusunan kurikulum FIK UI dan memberi kuliah dan praktikum mahasiswa program A FIK UI.
Disamping itu Bagian kimia FKUI juga pernah melayani fakultas kedokteran universitas lain di awal pembentukannya. Antara lain Fakultas Kedokteran Universitas Atmajaya, Fakultas Kedokteran Ukrida, dan Fakultas Kedokteran Universitas Yarsi.
Dengan diadakannya program kelas internasional pada tahun 2000, Bagian Kimia FKUI turut berperan pada persiapan pendiriannya dan ambil bagian pada matakuliah Pre Medical Science dan Foundation of Medical Chemistry (kuliah dan praktikum)
Dengan perubahan kurikulum menjadi kurikulum berbasis kompetensi (KBK), maka kuliah dan praktikum hanya diberikan untuk mendukung modul biologi molekuler yang mencakup materi kimia karbohidrat, lipid, asam nukleat, protein, serta modul ginjal dan cairan tubuh yang mencakup materi keseimbangan asam-basa. Sedangkan kegiatan staf yang lain dalam pendidikan adalah sebagai fasilitator modul KBK FKUI.
Ketua Departemen Kimia Kedokteran FKUI saat ini adalah Dr. Fadilah, M.Si.