Pendidikan di Program Studi Spesialis (Sp1) Mikrobiologi Klinik FKUI berlangsung selama 7 semester dengan gelar Spesialis Mikrobiologi Klinik (Sp.MK). Kegiatan pendidikan meliputi kegiatan ilmiah (journal reading, diskusi kasus, presentasi kasus, presentasi proposal penelitian, presentasi laporan hasil penelitian), kegiatan pengelolaan pasien (konsultasi hasil laboratorium, konsultasi pencegahan dan pengendalian infeksi, konsultasi PPRA), kegiatan keterampilan prosedural (pengambilan spesimen kasus infeksi, pemeriksaan bakteriologi/mikrologi/virologi/biologi molekuler), kegiatan manajerial laboratorium, kegiatan bimbingan, dan kegiatan penelitian.
Program Studi Sp1 Mikrobiologi Klinik FKUI terakreditasi UNGGUL berdasarkan keputusan LAM-PTKes No. 0031/LAM-PTKes/Akr/Spe/I/2023.
Ketua Program Studi: Dr. dr. Mardiastuti, SpMK(K)
Sekretaris Program Studi: dr. Ardiana Kusumaningrum, SpMK(K)